La historia de Huajuapan de León se remonta aproximadamente al año 400 a.C., cuando fue fundada por los Ñuu Yate, o “gente antigua”. Este grupo estableció uno de sus principales asentamientos en lo que hoy conocemos como el Cerro de las Minas, ubicado al norte de la ciudad. Este sitio arqueológico, perteneciente a la cultura ñuiñe, fue un centro urbano que albergó entre 1,500 y 3,000 habitantes. Contaba con palacios, templos y espacios públicos en su núcleo, mientras que la mayoría de la población residía en casas construidas sobre terrazas en las laderas del cerro. 

Además del Cerro de las Minas, existen otros sitios arqueológicos en la región, como el Cerrito El Sombrerito y La Soledad, donde se han encontrado vestigios y pinturas rupestres que evidencian la riqueza cultural de los antiguos pobladores. En 1561, por orden virreinal, se estableció la comunidad de Huajuapan en su ubicación actual. Anteriormente, esta llanura era una mesquitera solitaria donde los comerciantes sufrían frecuentes asaltos. Para garantizar la seguridad, se ordenó a los habitantes de San Andrés Acatlima que bajaran a poblarla. 

Durante esta época, Huajuapan se convirtió en un importante asentamiento de españoles peninsulares, llegando a tener 300 familias. Su ubicación estratégica, en una ruta de comercio entre Oaxaca, Puebla y la Mixteca Alta, la consolidó como un punto clave de tránsito y abastecimiento. Durante el movimiento de Independencia, Huajuapan fue escenario de hechos sobresalientes, como el sitio de Huajuapan, que duró aproximadamente 111 días, siendo el más largo de toda la guerra. Este sitio fue sostenido heroicamente por un grupo de lugareños al mando del Coronel Valerio Trujano, y fue finalmente roto el 23 de julio de 1812 con la ayuda del General José María Morelos. Desde entonces, la fiesta grande se celebra en esta fecha con un novenario de misas en honor al Señor de los Corazones, como muestra de gratitud por la liberación de la ciudad. La celebración profana también coincide con estas fechas, extendiéndose por varios días de júbilo y tradición.El 10 de junio de 1843, Huajuapan fue elevada a la categoría de Villa de Huajuapan de León, en honor a Antonio de León, insurgente oaxaqueño nacido en esta región. Posteriormente, el 17 de octubre de 1884, se le otorgó el rango de ciudad.

A comienzos del siglo XX, durante la Revolución Mexicana, Huajuapan fue un núcleo importante de grupos con tendencia zapatista, quienes promovían la reforma agraria y el regreso de tierras comunales a los campesinos. El 24 de octubre de 1980, un terremoto de magnitud 7.0 con epicentro en la región sacudió la ciudad, causando daños severos. El 90% de las edificaciones resultaron afectadas, incluidas diez iglesias, dos hospitales y el palacio municipal, que se desplomaron. Se reportaron más de 50 muertos y más de 300 heridos, además de miles de damnificados.

La tragedia unió a la población y dio pie a importantes esfuerzos de reconstrucción que transformaron el rostro urbano de Huajuapan.

Actualmente, Huajuapan de León cuenta con una gran riqueza cultural y natural. Destacan sitios como el Parque Bicentenario, que ofrece espacios recreativos y culturales; la Presa de San Francisco Yosocuta, ideal para actividades acuáticas; y el Paseo de las Campanas, un área verde para el descanso y la contemplación. Además, el Museo Regional de Huajuapan (MUREH) resguarda valiosos vestigios de la cultura ancestral ñuiñe, y funciona como centro educativo y cultural mediante exposiciones, talleres y conferencias. Huajuapan de León, con su historia de resistencia, cultura milenaria y valor comunitario, sigue siendo una de las joyas históricas de la Mixteca oaxaqueña, un símbolo vivo del pasado indígena, colonial e independentista de México.

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