En parte de lo que actualmente es el Palacio Municipal, estaban las Casas Consistoriales de quien ostentaba el poder Virreinal del Distrito. En estas heredades instaló Ignacio López Rayón en 1814 un primer Gobierno insurgente de la América Septentrional, con mando militar para Oaxaca, Veracruz y Puebla, y hasta este mismo sitio llegaron integrantes del Congreso de Anáhuac, correspondiente a la sección de Oaxaca. Cuerpo legislativo cuyo nombre el Siervo de la Nación José María Morelos y Pavón retomó para evocar y honrar a la Anáhuac prehispánica. Ramón Rayón, mandatario de la provincia de Antequera eligió hacia 1814 de igual manera a Huaxuapa, sede de su gobierno y despachó en este lugar desempeñando el cargo que equivaldría ahora a Gobernador de Oaxaca. Tales Casas Consistoriales de Huajuapan, en 1820 se denominaron Casas Nacionales, pues así son nombradas en el libro de actas y disposiciones del Ayuntamiento Constitucional de Huaxuapa y en donde se hace constar que el 4 de julio de 1820 se instaló el primer Ayuntamiento de Huajuapan y se eligió como Alcalde primero a Antonio de León y Loyola. Ahí mismo en este lugar el 21 de octubre de 1821 el Alcalde primero del segundo Ayuntamiento Manuel de León y Loyola juramentó la Independencia de “Huajuapa”.
Dichas Casas las ocupó el Juez Político Manuel Ma. Leyton, a principios de 1820 y parte cercana a las mismas fueron de Fernando Solano Alonso, quien donó una fracción para agrandar las casas nacionales el 13 de octubre de 1877.
El 19 de Julio de 1882 siendo las 2:30 de la tarde ocurrió un terrible terremoto que causó daños a este inmueble Municipal.
La nueva edificación tomó la acepción gramatical Palacio Municipal y con su arquería, llamada portal Valerio Trujano se inauguró el 16 de septiembre de 1891 y fue donde despacharon los siguientes Municipios: Don Teodosio Cervantes Acevedo de 1892 a 1893, Manuel Acevedo en 1893, Miguel Rodríguez de 1894 a 1895, Jesús Martínez en 1895, Rafael Carrión en 1896, Juan Soriano en 1897 y Porfirio Corro en 1899, quien fue el último munícipe del siglo XIX.
En el siglo XX este edificio recibió mantenimiento durante administraciones de los Presidentes: José Peral Martínez en su segunda época de 1943 a 1945, José Manuel Álvarez Martín que abarcó de 1960 a 1963 y Eduardo Santibáñez en los años 1966 a 1968, pero por efectos del sismo del 24 de octubre de 1980, se dañó estructuralmente.
De 1981 a 1983 se demolió aquel Palacio Municipal, y se inició una nueva construcción, en la Administración del Munícipe Manuel Bautista Arias.
En el periodo del Primer Concejal David Moran Maceda de 1984 a 1986 se edificó el 90% del nuevo Palacio Municipal. El 15 de septiembre de 1986, siendo el Lic. Baruc Alavés Mendoza Presidente del Consejo Municipal 1986- 1989 se iniciaron en el muro frontispicio los trabajos de los Murales del Palacio, creación del pintor y muralista José Luis García, obra artística que corrió en presupuesto financiero a cargo del propio artista. En 2014 siendo presidente Municipal el Lic. Luis de Guadalupe Martínez, se hizo una remodelación total de dicha heredad, que fue trascendente porque se habilitó una Sala de Cabildos, única en su género, el jardín etnobotanico, sala de prensa y sala de presidentes.
El 19 de septiembre de 2017 otro temblor otra vez dañó estructuralmente el Palacio y los murales también sufrieron afectación, quedando cerrada la edificación hasta diciembre de 2019 en que fue rehabilitada, poniéndose en uso la sala de cabildos y áreas administrativas.
Fuentes:Cronista Municipal, Lic. Santiago I. Barragán Zamora
Acta de Cabildo del H. Ayuntamiento de Huajuapan de León, Oaxaca, de fecha 4 de julio de 1820.
Libro de Actas y Disposiciones en que constan las Actas del Ayuntamiento Constitucional de Huaxuapa 1820–1823.
